Z botanického hlediska patří jabloně (rod Malus MILL.) do řádu růžokvětých (Rosales), čeledě růžovitých (Rosaceae) a podčeledě jabloňovitých (Maloideae). Z pomologického hlediska řadíme jabloně k ovoci jádrovému.
Jabloně jsou stromy nebo keře s opadavými, zřídka s přezimujícími listy (např. Malus formosana KAWAK et KOIDZ), jež jsou celistvé nebo laločnaté až dlanitě dělené, s okrajem nejčastěji výrazně pilovitým a s palisty. Květy jabloní jsou zpravidla růžové, bílé až karmínově červené v chocholičnatých květenstvích, složené z okrouhlých nebo vejčitých plátků korunních s 15 – 20 tyčinkami, které mají většinou žluté prašníky. Semeník je 3 – 5 pouzdrý, spodní se 2 – 5 čnělkami, jež jsou na rozdíl od hrušní naspodu srostlé. Plody jabloní jsou malvice, většinou bez kamenčitých (sklerenchymatických) buněk na rozdíl od malvic hrušní; na temeni nesou kalich buď vytrvalý, nebo opadavý.
Systematika rodu Malus MILL. není dosud jednotně zpracována. Mezi autory panuje značná názorová nejednotnost, i pokud jde o určení a zařazení některých základních druhů. Příčinou tohoto stavu je především značný polymorfismus většiny jabloňovitých druhů (rozšířených v přírodě v rozsáhlých klimaticky odlišných oblastech) a nepochybný hybridní charakter řady druhů. Dokonce i v základních centrech výskytu nelze od sebe ostře odlišit kulturní jabloně a jejich zplanělé formy.
V systematice rodu Malus MILL., kterou sestavil KOIDZUMI (1934) je zařazeno 36 jabloňovitých druhů. Poněkud odlišný systém odvozený hlavně od práce REHDEROVY (1949) uvádí ve své kompilační práci WILCOX (1962). Vedle 33 jabloňovitých druhů zařazených do tohoto základního systému jsou v práci uvedeny rovněž druhy hybridního původu. BORDEIANU a kol. (1963) zařazují do odlišného systému rodu Malus MILL. 31 druhů, avšak část těchto druhů není totožná s druhy zařazenými v systému předešlém a dokonce jsou zde druhy, které jsou podle WILCOXE (1962) hybridního původu.
V systému navrženém LICHONOSEM (1964) je zařazeno již jen 30 druhů jabloní. Autor rozděluje jabloně na 2 sekce: Calycomeles – jabloně s kalichem neopadavým a Gymnomeles – jabloně s kalichem opadavým. V rámci sekce Calycomeles rozlišuje dále podsekce: Eumalus – jabloně pravé (M. silvestris MILL., M. pumila MILL., M. sieversii, M. Roem. atd.), Prunifoliae – jabloně slivolisté (M. prunifolia BORKH., M. mikromalus MAKINO atd.) Chloromeles – jabloně zelenoplodé (M. coronaria MILL., M. ioensis BRITT. atd.) a Eriomeles – jabloně s kamenčitými (sklerenchymatickými buňkami) M. formosana KAWAK et KOIDZ., M. Prattii SCHNEID.). Podobně sekci Gymnomeles ještě rozděluje na podsekce: Bacatae – jabloně drobnoplodé (M. bacata BORKH., M. sikkimensis ROEM., M. floribunda SIEB. atd.) a Sorbomalus – jabloně jeřábovité, tj. jabloně s více nebo méně laločnatými listy (M. sargentii REHD., M. fusca SCHEID).
LICHONOS (1964) však uvádí, že většina druhů zařazených do jeho systému je buď hybridního původu, nebo jsou botanickými varietami, popř. modifikacemi druhů jiných. Domnívá se, že skutečných základních druhů jabloní je pouze 11. Přestože tento návrh nemusí přesně vystihovat skutečnost, byla již v řadě případů prokázána oprávněnost snížení počtu základních druhů; např. opakovanou hybridizací M. bacata BORKH. s kulturními jabloněmi byly již získány jabloně typu M. prunifolia BORKH. (TARASENKO 1941). Podobně již HENNING (1947) došel k závěru, že počet druhů uváděných REHDEREM (1949) uvnitř sekce Chloromeles (tj. celkem 8) by měl být snížen. Tento názor byl experimentálně podpořen hybridizačními pokusy MILDENBERGEROVÉ (1963), která se podle svých výsledků domnívá, že do skupiny Chloromeles patří pouze dva základní druhy, a to Malus coronaria MILL. a M. ioensis BRITT. a BROWN.
Velká většina kulturních odrůd u nás pěstovaných patří k druhu M. pumila MILL. a vznikla složitou hybridizací M. silvestris MILL. a některých dalších druhů jabloní rostoucích planě v Zakavkazí. MILLER při botanické klasifikaci jabloní použil název M. pumila pro označení velkoplodých kulturních jabloní pěstovaných na západní polokouli.
Řada důležitých odrůd jabloní, jako např. Wealthy, Borovinka, Car Alexandr, Orleánská reneta, Baumannova reneta atd., pochází rovněž od druhu M. sieversii M. ROEM. Podle sovětských autorů se na vzniku odrůd pěstovaných na území SSSR vedle výše uvedených druhů uplatňovaly ještě M. orientalis UGLITZ., M. prunifolia BORKH., M. bacata BORKH., M. niedzwetzkiana DIECK. a M. turkmenorum JUZ. Zejména druhy M. prunifolia BORKH. a M. niedzwetzkiana DIECK. byly ve větším měřítku použity I. V. MIČURINEM ve šlechtění pro získání mrazuvzdorných velkoplodých kulturních odrůd jabloní (VENJAMINOV 1953). Některé teplomilné odrůdy jabloní rozšířené v teplých oblastech Dálného východu jsou odvozeny od údajných druhů M. asiatica HAKAI nebo M. dulcissima KOIDZ., které však REHDER (1949) rovněž zařazuje do druhu M. prunifolia BORKH.
V Anglii a především v severní Americe má hospodářský význam skupina polokulturních odrůd jabloní, tzv. „craby“, které se vyznačují plody malé velikosti, více nebo méně kyselou a trpkou chutí a používají se především pro kuchyňské účely, výrobu šťáv a jiné průmyslové zpracování. Tyto odrůdy většinou vznikly křížením místních kulturních odrůd s některými botanickými druhy (popř. jejich botanickými varietami), zejména s M. prunifolia BORKH., M. bacata BORKH., M. micromalus MAKINO, M. floribunda SIEB., M. ioensis BRITT. anebo křížením těchto druhů mezi sebou.
Všechny výše uvedené botanické druhy jabloní a řada dalších má v současné době nesmírný význam jako zdroj genového materiálu pro získání pěstitelsky významných odrůd s novými znaky nebo vlastnostmi. Některé z nich se již v poslední době uplatnily jako zdroj rezistence nových jabloňovitých odrůd proti chorobám. Přenos genů kontrolujících jen určité vnější znaky však vyžaduje mnohonásobná zpětná křížení a přísnou selekci, aby veškeré žádoucí znaky původní odrůdy zůstaly zachovány.