Velikou výhodou a předností jablek je možnost jejich delšího skladování, jímž se dají plody udržet dlouho ve svěžím syrovém stavu. Trvanlivost je základní odrůdovou vlastností, avšak může být ovlivněna celou řadou činitelů, jako jsou např. klimaticko-půdní podmínky stanoviště, použitá podnož, výživa, způsob a doba sklizně a zejména technika skladování. Z tohoto důvodu je nutné považovat údaje v literatuře o délce uchovatelnosti jednotlivých odrůd pouze za orientační.
Delší trvanlivost jablek lze docílit jejich zchlazováním často až k bodu mrazu, čímž se silně zpomalují přirozené biochemické pochody zrání plodů a rozkladná činnost mikroorganismů. Letní a podzimní odrůdy jablek vydrží i při zchlazení krátce, zpravidla jen několik týdnů. U zimních odrůd vlivem delšího uzrávacího procesu lze zchlazením prodloužit jejich normální trvanlivost i o několik měsíců.
Jednotlivé odrůdy snášejí různý stupeň zchlazení. Některé odrůdy nesnášejí zchlazování již při teplotách 2 °C, jiné až při teplotách kolem bodu mrazu. Tyto odrůdy v uvedených teplotách trpí fyziologickými poruchami, které se projevují především hnědnutím dužniny (PIENIAZEK 1965); tím ztrácejí trvanlivost a rychle pak hnijí. Takovému rychlému hnědnutí podléhají hlavně odrůdy letní, podzimní a některé odrůdy časně zimní: Průsvitné letní, Croncelské, Malinové hornokrajské, Landsberská reneta, Wealthy a jiné. Méně tomuto hnědnutí podléhají např. Boikovo, Berlepschova reneta, Golden Delicious, Jonathan, Wagnerovo, Bancroft, Idared a Starking Delicious. K odrůdám, které nesnášejí zchlazování pod 2 °C a které se proto mají ukládat nejlépe při teplotě +3 až 4 °C, patří např. Ananasová reneta, Coxova reneta, Parména zlatá, Oldenburgovo a Ontario.
KOTT (1958) rozděluje odrůdy podle schopnosti zchlazování do tří skupin. Podle něho lze skladovat bez nebezpečí v teplotách:

0 až +1 °C – James Grieve, Red Delicious, Průsvitné letní, Wealthy a Zvonkové;
+1 až +2 °C – Sudentskou renetu, Berlepschovu renetu a Zuccalmagliovu renetu;
+3 až +4 °C – Boskoopské, Coxovu renetu, Ontario, Oldenburgovo, Jonathan a Parménu zlatou.

Zmrazování, které je obvyklé u jiných druhů ovoce a zeleniny, se u jablek nepoužívá, neboť jen velmi málo odrůd tento proces snáší. Zmrazením dojde k poruše enzymatických pochodů a dužnina po rozmrazení vlivem zvýšené oxidace rychle hnědne.
Důležitou roli při skladování má také vzdušná vlhkost. Vlhkost se má udržovat na konstantní výši 90 – 95 %. Nízká vlhkost spolu s vyšší teplotou způsobují rychlé vadnutí a ovlivňují také charakter slupky. Naproti tomu vlhkost nad 95 % má za následek plesnivění ovoce i obalů.
Skladovatelnost jablek lze dále zvýšit jejich ukládáním v atmosféře obohacené kysličníkem uhličitým, což předpokládá speciální úpravu skladišť.
Pro skladování jablek se v současné době používají tři typy skladu (CHILDERS 1969): a) sklady přirozeně chlazené; b) chladírny, tj. sklady strojně chlazené; c) sklady s modifikovanou atmosférou.
Ve skladech přirozeně chlazených se skladuje stále méně ovoce. V podzimních a jarních měsících v nich nelze často zajistit žádanou teplotu, což působí značné ztráty. Bezpodmínečným zařízením každého normálního skladu je řádné, výkonné a snadno ovladatelné větrání jako jediný prostředek k regulaci teploty, popř. i k ovlivňování vlhkosti. Dokonalé větrání umožňují spodní kanály, jimiž vniká od podlahy venkovní čerstvý, chladný a pokud možno náležitě vlhký vzduch, a horní větrání u stropu k odvádění teplejšího vzduchu z místnosti. Větrací kanály s dobře uzavíratelnými otvory mají být umístěny proti sobě, což umožňuje dobrou ventilaci vzduchu. Tah vzduchu nesmí být příliš silný, neboť způsobuje vysýchání ovoce.
Větráním udržujeme co nejstálejší teplotu i vlhkost zejména v podzimních a jarních měsících, a to hlavně větráním v noci, zatímco přes teplejší den větrání uzavíráme. V zimě větráme zpravidla jen v poledních hodinách.
Chladírny jsou v současné době nejrozšířenějšími sklady ve světě a rovněž u nás se začínají stále ve větší míře uplatňovat. Jejich největší výhodou je, že zchlazování není zde závislé na vnější teplotě. Umožňují rychlé zchlazení i větších obalů jablek ihned po jejich umístění do skladu. Během celého skladování lze v nich udržovat optimální vlhkost a teplotu s odchylkou, která nepřevyšuje 1 °C. Teplota uvnitř chladírny je regulována automaticky výparníkovým chladícím zařízením, v nichž se nejčastěji jako chladící látky používá freonů (CFCl3 a CF2Cl2).
Sklady s modifikovanou atmosférou nám v současné době zajišťují nejdokonalejší skladování jablek. V podstatě jde o chladírny, jejichž jednotlivé komory jsou vzduchotěsně uzavřeny, takže v nich lze měnit složení atmosféry, zejména pokud jde o zvyšování obsahu kysličníku uhličitého a snižování podílu kyslíku. Ve světě se používá celá řada variant složení vzduchu v komorách. Nejčastěji se zvyšuje obsah CO2 na 10 % za současného snižování obsahu O2 na 11 %. V USA bylo zjištěno, že některé odrůdy uložené v atmosféře s vysokým obsahem CO2 ztrácejí svou chuť (SMOCK a BLANPIED 1968), a proto byla vypracována metoda skladování v 5 % CO2 za současného snížení O2 na 2 %. Tento způsob skladování se osvědčil zejména u odrůdy McIntosh s značně se rozšířil.
Zvýšení obsahu kysličníku uhličitého nebo snížení obsahu kyslíku má vliv na zpomalení dýchání uložených jablek a tím na značné prodloužení jejich skladovatelnosti. Dokonce i podzimní odrůdy zde mohou být uschovány v dobrém stavu až do jara. Navíc plody vyskladněné z tohoto skladu snesou mnohem déle pobyt ve vyšších teplotách než plody vyskladněné z ostatních skladů. Tento jev je důsledkem toho, že jablka ve skladech s modifikovanou atmosférou téměř neprocházejí obdobím klimatéria, takže i nástup jejich konzumní zralosti je značně oddálen. Prodloužení uchovatelnosti tímto způsobem má největší význam u odrůd, které nesnášejí skladování v teplotách nižších, než jsou + 4 °C (McIntosh). Také ztráty úbytkem na váze a hnitím jsou ve skladech s modifikovanou atmosférou nižší.
Nevýhodou chladíren s modifikovanou atmosférou je jejich větší nákladnost, protože zajištění jejich vzduchotěsnosti není z technického hlediska jednoduché. Další nevýhodou je to, že prakticky během skladování není ke skladovanému ovoci přístup.
Před uskladněním ovoce musejí být všechny místnosti řádně dezinfikovány buď vysířením, nebo alespoň vybílením s přídavkem 5 – 10 % modré skalice, a musejí být zajištěny patřičnou deratizací proti myším. Rovněž všechna dřevěná zařízení musí být dezinfikována (police, obaly) omytím roztokem sody, 10 % roztokem modré skalice apod.
Vyskladňování jablek z chladíren má být postupné. Proto se jablka dávají do předchladíren při teplotě 6 – 12 °C po dobu několika hodin, než se expedují v normální teplejší atmosféře.
Při malém množství jablek, např. v domácnostech, je nejlépe jablka ukládat v chladných, dobře větratelných sklepích na dřevěných lískách, umístěných v laťových policích. Umožňuje to dobrý přehled i kontrolu, a tudíž i včasné odstraňování kazících se plodů. Kde je nedostatek vzdušné vlhkosti a plody vadnou, je nutné zajišťovat správnou vlhkost alespoň kropením země vodou.
Ve vývoji je balení a přechovávání jablek v plastických hmotách, které je mají chránit před vysycháním a přezráváním ve vyšších teplotách. V úvahu přicházejí např. polyetylénové sáčky, zpomalující dýchání plodů, neboť se kolem nich vytvoří atmosféra obsahující asi 2 % kyslíku a 5 – 8 % kysličníku uhličitého. Sáčky je třeba po naplnění uzavřít a uložit v chladném sklepě, v němž nemá teplota přesahovat 13 – 16 °C. Takto lze údajně skladovat např. odrůdu Golden Delicious až 6 měsíců (MARCELLIN 1963).