PAŠKEVIČ (1933) uvádí, že kořenový systém pravokořenných stromů (tj. přímo vegetativně rozmnožených, např. řízky) se liší od kořenového systému původního semenáče, neboť je v podstatě systémem modifikovaných (dodatečných) kořenů a může být porovnán jen s kořenovými systémy stejně rozmnožovaných odrůd. Kořenový systém podnože může být ovlivněn naroubovanou odrůdou a půdními podmínkami. Převážná část kořenů je v hloubce asi 20 – 60 cm, avšak obvod kořenů převyšuje obvod koruny. Podle PAŠKEVIČE (1933) se má u kořenového systému hodnotit síla růstu na základě tloušťky hlavního kořene (kořenů), množství a síla růstu vedlejších kořenů (jejich délka a tloušťka), jejich rozvětvování a bohatost kořenového vlášení. Směr růstu kořenů podle PAŠKEVIČE (1933) může být: 1. Horizontální nebo přibližně horizontální, kdy kořeny rostou především v horní vrstvě půdy; 2. Mírně šikmý, rostou-li kořeny do hloubky pod úhlem blížícím se 45 °C; 3. Silně šikmý, rostou-li kořeny do hloubky pod úhlem 45 °C a větším; 4. Svislý (kolmý) s nepatrným rozvětvováním. Dále je nutné u kořenů hodnotit jejich barvu a větší nebo menší schopnost tvorby oček, z kterých se mohou vytvářet odnože nebo kořenové oddělky. KOHOUT (1960a) doporučuje hodnotit plošné a hloubkové rozložení kořenů, mohutnost tvorby kůlového kořene, kořenů vedlejších i kořenového vlášení.
Z hlediska hodnocení odrůd by mohl mít kořenový systém význam u odrůd vypěstovaných na vlastních kořenech. V současné době se však jabloně pěstují na různých podnožích, a proto hodnocení kořenového systému nemá prakticky význam.